本中心实行主任负责制，下设中心办公室、设计工程实验室、机械制造及自动化实验室、机械电子工程实验室、航空宇航制造工程实验室、工程训练中心、中心实验室、大学生机电一体化创新实验室、CAD教学中心等9个单位。除大学生机电一体化创新实验室由教师和学生共同管理外，其他实验室均由实验中心统一进行教学任务安排、仪器设备维护等日常管理，以确保实验中心的正常运转和实验教学任务的顺利完成。

      在业务上，中心还接受校实验室工作委员会、校实验示范中心建设领导小组和机电学院教学委员会的指导，如实验中心建设规划、实验室配置、实验教学改革、实验课程设置等，以保证实验中心的建设质量和先进性。

      中心成立了实验教学指导委员会。在教学任务安排方面，中心根据教学需要统一安排实验中心的教师或学院的教师承担授课任务。对学生课余时间在实验中心所做的研究工作，也采用同样的方式安排指导教师。中心所采用的这种管理模式，既优化整合了硬件资源，提高了设备、场地的利用率，又加强了学科发展和理论教学与实验教学的联系。

      为了更加规范中心的管理，工程训练中心试点建立了基于ISO9001：2000的教学服务质量体系，积累了宝贵的经验，取得了良好的效果。